Naxçıvan Sağlamlıq Mərkəzində tibbi xidmətin keyfiyyətinin artırılması məqsədilə bir sıra mühüm yeniliklər həyata keçirilib. Bu yeniliklər, xəstələrin müalicə prosesinin daha effektiv və rahat şəkildə davam etdirilməsini təmin etmək məqsədini güdür.
Mərkəzdə onkoloji xəstələr üçün kimyaterapiya prosedurlarının təhlükəsiz və komfortlu şəkildə həyata keçirilməsi məqsədilə xüsusi bir bölmə yaradılıb. Bu bölmədə, xəstələrin müalicə müddətində ehtiyac duyduğu bütün tibbi xidmətlər və rahatlıq təmin olunmuşdur. Xüsusilə, xəstələrə kimyaterapiya proseduru zamanı yüksək təhlükəsizlik standartlarına riayət edilərək müvafiq dozada dərmanların tətbiqi həyata keçirilməsi nəzərdə tutulub. 
Bundan əlavə, Naxçıvan Sağlamlıq Mərkəzində iki yeni, müasir avadanlıqlarla təchiz olunmuş əməliyyat otağı yaradılmışdır. Bu əməliyyat otaqlarından biri xüsusi olaraq hibrid əməliyyat otağıdır. Hibrid əməliyyat otağı, ən son texnologiyalarla təchiz olunmuş və müxtəlif müalicə üsullarının bir arada tətbiq edilməsinə imkan verən müasir bir məkandır. Bu, əməliyyatların daha dəqiq və effektiv şəkildə həyata keçirilməsini təmin edir, eyni zamanda cərrahların daha rahat və təhlükəsiz bir mühitdə işləmələrinə şərait yaradır.
Əlavə olaraq mərkəzdə xüsusi bir iclas zalı yaradılıb. Bu iclas zalı, tibbi heyətin mütəmadi olaraq iclaslar keçirərək ən son tibbi yeniliklər, müalicə metodları və müasir tibbi texnologiyalar barədə məlumat mübadiləsi etmələrinə imkan verir.